Installation de LSD à partir des sources

Dernière modification : 14 février 2008.

Veuillez lire ce fichier attentivement avant d'entreprendre toute installation.

La procédure d'installation a été testée pour IRIX (Silicon Graphics), Cygwin (PC sous Windows, voir ci-après) et GNU/Linux et MacOSX.

LSD est écrit en C et devrait être portable sur un grand nombre de plates-formes Unix.

Note aux utilisateurs de PC sous Windows

Cygwin comme système d'exploitation.

LSD-3.2.4 a été développé dans un environnement Unix. Toutefois, les utilisateurs de PC sous Windows peuvent utiliser LSD en installant l'environnement Cygwin, destiné à fournir sous Windows un sous-ensemble important des fonctionnalités d'Unix. Alternativement, il est possible d'utiliser une distribution binaire, LSDos, qui correspond à LSD pour DOS. Elle a été compilée avec DJGPP, installable depuis www.delorie.com. Une documentation spécifique est incluse.

Cygwin est téléchargeable depuis www.cygwin.com.

Il n'est pas utile d'installer le serveur X/Windows de Cygwin. L'utilisation de Ghostview sous Windows est nécessaire pour visualiser les fichiers Postscript contenant les solutions fournies par LSD. Il est possible de s'en passer en éditant le fichier solve. Ghostview (gv) est téléchargeable à www.cs.wisc.edu/~ghost. Il faut aussi télécharger à partir du même site AFPL Ghostscript (gs). L'installation de ces 2 logiciels se fera de préférence aux endroits proposés par défaut (gs sous C:/gs et gv dans C:/Ghostgum).

L'installation de Cygwin est décrite en détail sur www.gammon.com.au/smaug/installingcygwin.htm, par exemple, mais à d'autres endroits aussi.

Un double-clic sur l'icône de cygwin fait apparaître une fenêtre de commande DOS (avec un fond noir) dans laquelle il est possible de taper des commandes Unix. Cela suffit si la fenêtre possède un ascenseur vertical. Sinon, entrez la commande "rxvt &" (sans les guillements) et une autre fenêtre de commande apparaîtra. Vous pouvez ranger la fenêtre DOS dans la barre des tâches. La seconde fenêtre a un fond blanc et un ascenseur vertical. Les anciens utilisateurs de DOS apprécieront... C'est de là que vous pourrez lancer LSD, une fois installé. Selon la terminologie Unix, une fenêtre de commande s'appelle aussi "fenêtre de shell", voire "shell" tout simplement.

Si vous voulez quitter (détruire) une fenêtre de commande, entrez Contrôle-D (une fois pour la fenêtre créée par rxvt, une seconde fois pour la fenêtre DOS).

Dans le cas où vous ne seriez familiarisé ni avec Cygwin ni même avec Unix, les points suivants vous seront probablement utiles.

Système de fichiers

La racine du système de fichiers de Cygwin se note "/" et se confond avec C:\Cygwin pour Windows. "/" est pour cygwin la même chose que "Poste de travail" pour Windows, c'est-à-dire le point à partir duquel tous les fichiers de la machine sont accessibles.

Dossier personnel

Votre dossier personnel (appelé "home") est l'endroit où vous rangerez vos propres programmes et documents, comme "Mes Documents" pour Windows. Avant de pouvoir entrer une commande dans une fenêtre, vous obtenez dedans quelque chose comme MonNom@MonPC (écrit en vert) où MonPC est le nom de l'ordinateur et MonNom votre nom d'utilisateur. Le nom par défaut est "Standard". Votre dossier personnel s'appelle /home/MonNom pour Cygwin, et donc C:\Cygwin\home\MonNom pour Windows. Un synonyme pour le nom de ce dossier est "~", comme cela est visible en jaune dans les fenêtres de commande ainsi que sur leur barre de titre.

Votre dossier personnel est l'endroit où il faut copier le fichier LSD-3.2.4.tar.gz avant de le décompacter (ne décompactez pas maintenant) et de procéder à l'installation de LSD proprement dite (voir ci-après).

Interpréteur de commandes

Il est fortement recommandé de créer dans le dossier personnel un fichier nommé ".bash_profile". Pour ce faire utilisez l'accessoire WordPad et tapez le texte constitué de la seule ligne "export PATH=.:$PATH" (sans les guillemets bien entendu). Enregistrez sous le nom ".bash_profile" (!!!! avec les guillemets !!!!) avec le type "texte seulement" dans votre dossier personnel (c'est-à-dire C:\Cygwin\home\MonNom). Quittez les deux fenêtres de commande puis réouvrez-les pour que ce qui vient d'être fait soit pris en compte effectivement. L'unique commande qui a été mise dans le fichier .bash_profile va faire en sorte que le dossier courant soit toujours dans la liste des dossiers où sont répertoriés les programmes exécutables. Cette liste est définie par le paramètre $PATH de l'interpréteur de commandes.

Naviguer dans l'arborescence

Lorque vous ouvrez une fenêtre de commande, le dossier courant sera votre dossier personnel (d'où le ~ dans la barre de titre, laquelle affiche toujours le nom du dossier courant). Pour changer de dossier courant entrez la commande "cd" suivie d'un espace, suivi du nom du dossier que l'on veut atteindre, suivi de la touche "Entrée". S'il s'agit d'un sous-dossier du dossier courant, son nom suffit. S'il s'agit du dossier parent, son nom est toujours "..". Il est aussi possible d'utiliser un nom "absolu", commançant par / et suivi de la suite des noms des dossiers imbriqués, séparés par des /. Par exemple "cd /usr/doc" fait du dossier de documentation le dossier courant. La commande "cd" sans argument vous replace dans votre dossier personnel.

Le nom du dossier courant est toujours "." quel qu'il soit. Pour connaître son contenu complet il suffit de taper la commande "ls -a" (ou de regarder avec l'Explorateur Windows). Si vous n'avez pas créé de fichier ".bash_profile", il faudra taper "./lsd" au lieu de "lsd" (de même pour outlsd et genpos), pour signifier que le programme à exécuter se trouve dans le dossier courant.

Documentation

Le site Web de Cygwin contient une description détaillée du logiciel et une abondante documentation. De nombreux fichiers d'aide sont situés dans C:\Cygwin\usr\doc (c'est-dire dans /usr/doc).

Début de l'installation de LSD

Il suffit d'avoir un interpréteur de commande ouvert, que le dossier courant soit le dossier personnel et que celui-ci contienne LSD-3.2.4.tar.gz.

Installation

Si ce n'est déjà fait, faites du dossier qui contient LSD-3.2.4.tar.gz le dossier courant, et entrez les commandes suivantes :

1. Décompactez :
gunzip LSD-3.2.4.tar.gz
tar xvf LSD-3.2.4.tar

2. Changez de dossier courant
cd LSD-3.2.4

3. Configurez et compilez
sh install.sh

4. Testez
make test

Vous devriez voir la structure de la molécule de pinène. Si le test échoue mais après une installation correcte (étape 3 sans erreur), il est hautement probable que l'interpréteur Postscript ne soit pas installé ou soit inaccessible par le fichier de script nommé "solve". Pour résoudre le problème, il convient d'éditer ce fichier et de corriger le chemin d'accès à l'interpréteur Postscript. Le test pour MaxOSX n'appelle pas d'interpréteur Postscript. Le test réussit si LSD annonce qu'il a trouvé une solution.

Notes

La commande "lsd"

Le programme LSD est lancé par la commande "lsd". Au moins pour certaines versions de Linux "lsd" est un alias de la commande "ls -d". Taper "lsd" donne alors la liste des dossiers contenus dans le dossier courant. Cela peut être changé provisoirement par la commande "unalias lsd" ou de manière permanente en modifiant le fichier de démarrage qui contient les définitions des alias.

Compilateur C

Il faut utiliser un compilateur pour créer les fichiers exécutables à partir des fichiers sources écrits en langage C. Pour Cygwin et GNU/Linux, gcc est le compilateur C par défaut et est inclus dans la distribution de ces systèmes d'exploitation (sous réserve de l'installation initiale des outils de développement). Sous IRIX, cc est pris par défaut si gcc n'est pas disponible. Vous pouvez installer gcc pour IRIX 6.5 à partir de freeware.sgi.com. Essayer de localiser cc en tapant "which cc" peut vous faire croire à tort que cc est installé. En tout état de cause, il vous faut une license vendue par Silicon Graphics pour utiliser cc sous IRIX.
Pour MacOSX, il faut disposer de l'environnement de développement Apple (connect.apple.com) pour utiliser le compilateur gcc. Le fichier Makefile qui est copié dans le dossier LSD-3.2.4 permet de compiler les sources par la commande "make fromSrc".

Interpréteur Postscript

Ce type de programme est nécessaire pour visualiser et imprimer les solutions fournies par lsd. Le fichier texte produit par lsd est traduit sous divers formats graphiques par le programme outlsd. Un de ces formats est traduisible en langage Postscript par le programme genpos à des fins de visualisation et d'impression.

Avec Cygwin, vous utiliserez gsview32.exe pour Windows, installé par la procédure décrite dans la note aux utilisateurs de PC sous Windows (ci-dessus). Sous Linux et IRIX, gv et xpsview sont respectivement les interpréteurs généralement disponibles.

Sous MacOSX, un utilitaire de visualisation de fichiers Postscript vient avec le systeme de composition de documents TeXShop téléchargeable depuis darkwing.uoregon.edu/~koch/texshop.

M_edit

M_edit est une sorte d'éditeur de structure chimique **très** simplifié. Il est là pour embellir les horribles dessins qu'outlsd est parfois capable de produire. Il est écrit en langage Tcl et utilise la boîte à outil Tk pour la partie graphique. Tcl/Tk est lancé par la commande "wish", qui signifie "windowing shell".

m_edit utilise les commandes tk_getOpenFile et tk_getSaveFile qui ne sont apparues qu'avec la version 8.0 de Tk. Vous devez donc utiliser celle-là ou une version ultérieure.

Wish fait partie des distributions de Cygwin et de GNU/Linux, respectivement sous les noms de cygwish8x.exe et wish8.x (x = 3 ou 4). Sous GNU/Linux, il est commode d'établir un lien symbolique entre wish8.x et wish avec la commande "ln -s /usr/bin/wish8.x /usr/bin/wish", si ce n'est pas déjà fait. Il est aussi possible d'éditer le script m_edit pour qu'il invoque correctement wish.

Pour IRIX 6.5, Tcl/Tk en version pré-compilée est disponible à partir de freeware.sgi.com, sachant que les fichiers sources sont situés à tcl.activestate.com/software/tcltk.

Pour MacOSX, Tcl/Tk est téléchargeable depuis www.apple.com/downloads/macosx/unix_open_source/tcltkaqua.html.

Solve

Solve est un petit script qui lance successivement lsd pour résoudre un problème de structure, outlsd pour la création des dessins de molécules, genpos pour leur traduction en Postscript et l'interpréteur Postscript pour leur visualisation. Solve est lancé lorsque vous tapez "make test" (étape 4 de l'installation). Si vous obtenez le résultat souhaité (la structure du pinène), l'installation est terminée et vous pouvez commencer à apprendre comment écrire des fichiers de données pour LSD en lisant MANUAL_FR.html.

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